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Neuchâtel est citée pour la première fois en 1011. Elle est gérée par des comtes de Neuchâtel jusqu'en 1458, puis passe sous l'autorité de la famille d'Orléans-Longueville jusqu'en 1707. La ville est ensuite sous l'autorité des rois de Prusse jusqu'en 1848, tout en ayant dès 1814 adhéré à la Suisse en formant le canton de Neuchâtel.

L'économie de la ville a longtemps été liée à l'administration (ville la plus importante de la région) et à l'agriculture (vigne). Elle a été dominée par le commerce international au XVIII^e siècle, puis par les secteurs secondaire (horlogerie) et tertiaire. Au tournant des XIX^e et XX^e siècles, plusieurs hôtels sont construits pour soutenir le tourisme qui accompagne le développement du chemin de fer. La région est fortement industrielle avec la chocolaterie Suchard, les forges et scieries Martenet, l'horlogerie et la fabrication d'indiennes qui se développent durant le XIX^e siècle et s'effondrent à la fin du XX^e siècle. Elle se renouvelle aujourd'hui grâce aux techniques de pointe et développe un pôle de compétences autour du CSEM et d'une antenne de l'EPFL. La ville est également connue pour son université, son club de football, ses activités industrielles de hautes technologies et, sur le plan touristique, pour son bourg médiéval en zone piétonnière et sa situation en bord de lac avec une vue panoramique sur les Alpes. Elle a en outre été l'une des quatre villes organisatrices d'Expo.02.

Le 25 novembre 2018 les habitants des communes de Peseux, Corcelles-cormondrèche et Valangin acceptent la fusion avec Neuchâtel, formant ainsi la ville la plus peuplé du canton et la troisième de Suisse romande. La commune sera officialisée le 1er janvier 2021